El Museo Arqueológico de Zipaquirá hace parte de la Fundación de Arte y Cultural Prehispánica e inició sus actividades a partir del año 2007. actualmente exhibe más de mil piezas arqueológicas y cuenta con tres salas de exposición en las cuales se muestra las cerámicas de diecinueve culturas indígenas colombianas, entre ellas: Sinús, Tayrona, Chimila, Quimbaya, Tamalameque, Tolima y San Agustín, algunas de ellas prehispánicas. También cuenta con una sala de exposición dedicada a la cultura indígena que habitó la zona: Los Muiscas, en la cual se encuentran algunas de sus piezas en cerámica como ollas, cántaros, copas, además de representaciones humanas y animales